举例说明：
......

    
        程序员
        ......    
    
    
         JAVA编程思想
         ......
    


    以上这个XML文档中，程序员和JAVA编程思想两本书换一下位置，两个XML文档仍然相同，那么，当XML文档很大，节点很多时，如何能够高效的比较这两个XML文档内容是否相同呢?

使用XSLT方法：xsl:for-each第一个document的所有子节点，使用XQL逐个到第二个文档中寻找匹配项；然后做一个比较节点内容的的xsl:template，比较节点是否完全相同。如有一个节点在第二个文档中无匹配项，则两个文档不相同。
知道DTD，写一个相应的样式表应该不难；而且Xalan速度也还能接受，不知是否可行。

如果你要对已解析的Document进行遍历比较，效率会很低，而且稍微考虑不周一点就会出错，所以我觉得你应该绕开它，使用xslt。